Pendant longtemps, la relation entre médicaments et microbiote intestinal a essentiellement été résumée à l’impact des antibiotiques. Ces derniers perturbent les communautés microbiennes, sélectionnent des résistances et peuvent favoriser certaines complications digestives ou infectieuses.

Cette vision reste juste, mais elle est désormais trop restreinte.

Les recherches modernes montrent que de nombreux médicaments non antibiotiques peuvent également modifier la composition et le fonctionnement du microbiote. Inversement, les microorganismes intestinaux peuvent transformer certaines molécules, participer à leur activation ou à leur inactivation, modifier leur disponibilité et contribuer à leur efficacité ou à leur toxicité.

Le microbiote n’est donc pas seulement une victime collatérale des traitements. Il peut devenir un véritable acteur de leur pharmacologie. Cette discipline émergente porte le nom de pharmacomicrobiomique.

Mais, comme souvent dans le domaine du microbiote, deux écueils opposés coexistent.

Le premier consiste à sous-estimer ces interactions, comme si seul le foie déterminait le devenir des médicaments et comme si les traitements non antibiotiques étaient sans effet sur l’écosystème intestinal.

Le second consiste à extrapoler trop rapidement : présenter toute variation bactérienne comme une « dysbiose », considérer que le microbiote serait durablement détruit après chaque traitement ou promettre sa restauration à l’aide d’un protocole standardisé.

Les données disponibles imposent cependant une lecture plus nuancée. Certaines interactions sont solidement établies. D’autres reposent encore sur des cultures bactériennes, des modèles animaux ou des associations observationnelles dont la signification clinique reste incertaine.

Une relation dans les deux sens

Collins et Patterson (2020) proposent de considérer le microbiote comme un véritable orchestrateur du métabolisme des xénobiotiques. Les microorganismes peuvent agir directement sur les molécules présentes dans la lumière digestive, mais aussi sur des médicaments ou des métabolites qui reviennent dans l’intestin par l’intermédiaire de la bile. Ils peuvent également influencer certaines enzymes humaines de détoxification, des transporteurs et des récepteurs nucléaires participant au métabolisme des médicaments.

L’interaction entre médicaments et microbiote peut ainsi prendre plusieurs formes :

• le médicament modifie directement ou indirectement le microbiote ;
• le microbiote transforme le médicament ;
• un premier médicament modifie le microbiote, lequel change ensuite le devenir d’un second médicament ;
• le microbiote influence une réponse immunitaire ou métabolique nécessaire à l’efficacité d’un traitement.

Maier et al. (2018) ont illustré l’étendue du premier phénomène en testant 1 197 médicaments et composés sur 40 souches représentatives du microbiote intestinal. Parmi les 835 médicaments visant principalement des cibles humaines, environ 24 % inhibaient la croissance d’au moins une souche dans les conditions expérimentales. Plusieurs antipsychotiques étaient notamment surreprésentés parmi les molécules présentant une activité antibactérienne.

Dans l’autre sens, Zimmermann et al. (2019) ont évalué la capacité de 76 bactéries intestinales à transformer 271 médicaments administrés par voie orale. Cent soixante-seize molécules étaient modifiées par au moins une des souches étudiées. Les auteurs ont également identifié plusieurs enzymes et gènes microbiens responsables de ces réactions.

Ces deux études sont fondamentales, mais elles ne doivent pas être surinterprétées. Il s’agit principalement de travaux expérimentaux. Une interaction observée en culture bactérienne ne signifie pas nécessairement que la même réaction surviendra avec une intensité cliniquement significative chez le patient.

La concentration réellement rencontrée par le microbiote dépend de la dose, de la formulation, de l’absorption digestive, du métabolisme hépatique, de l’excrétion biliaire et du transit intestinal.

Ces travaux démontrent néanmoins que le potentiel d’interaction est beaucoup plus vaste que ne le laissait penser la pharmacologie classique.

Les antibiotiques modifient réellement le microbiote

Sur ce point, le niveau de preuve est élevé.

Les antibiotiques peuvent provoquer :

• une diminution de certaines espèces sensibles ;
• une réduction de la richesse ou de la diversité ;
• une modification des fonctions métaboliques ;
• une diminution de la résistance à la colonisation ;
• une prolifération de microorganismes opportunistes ;
• une sélection de bactéries et de gènes de résistance.

L’importance de la perturbation dépend cependant fortement de la molécule, de son spectre, de la dose, de la durée, de son passage dans la lumière intestinale, du nombre de cures antérieures et du microbiote initial.

Il est donc scientifiquement incorrect de parler de « l’effet des antibiotiques » comme si toutes les molécules produisaient une perturbation identique.

Une résilience réelle, mais pas toujours un retour exact à l’état initial

Palleja et al. (2018) ont étudié 12 hommes jeunes et en bonne santé recevant pendant quatre jours une association particulièrement large de méropénem, de gentamicine et de vancomycine.

Le traitement a provoqué une modification majeure de la composition microbienne, avec notamment une prolifération initiale d’entérobactéries, d’Enterococcus faecalis et de Fusobacterium nucleatum, ainsi qu’une diminution des bifidobactéries et de plusieurs bactéries productrices de butyrate.

Après environ six semaines, le microbiote s’était largement rapproché de sa composition initiale. Pourtant, neuf espèces présentes chez tous les participants avant le traitement restaient indétectables chez la majorité d’entre eux six mois plus tard. Des bactéries portant des gènes de résistance avaient également été sélectionnées.

Le microbiote présente donc une réelle capacité de résilience, sans que celle-ci corresponde nécessairement à un retour strict à l’état antérieur. Certaines espèces peuvent ne pas réapparaître, d’autres peuvent occuper les niches libérées, et le nouvel équilibre peut différer de celui qui précédait l’antibiothérapie.

Récupérer sans revenir à l’identique : le microbiote comme un sol en régénération

Le parallèle avec la régénération des sols est particulièrement éclairant.

Choi et al. (2017) ont simulé une perturbation sévère en stérilisant 90 % du volume d’un sol, puis en y réintroduisant 10 % de sol non stérilisé comme source de recolonisation. Les auteurs ont ensuite suivi pendant 24 semaines l’évolution de la communauté microbienne et de son potentiel fonctionnel.

Les profils taxonomiques et fonctionnels se sont progressivement réorganisés selon une succession structurée. Les communautés des premières semaines étaient les plus éloignées du sol initial. Elles ont ensuite évolué, mais sans revenir à l’état d’origine à la fin de l’expérience. Les auteurs ne pouvaient pas déterminer si ce retour aurait fini par se produire avec un suivi plus long.

Cette distinction entre récupération fonctionnelle et retour à l’identique apparaît également sur le terrain. Pérez-Valera et al. (2020) ont étudié trois chronoséquences de sols méditerranéens après incendie, comprenant 150 transects dans 50 parcelles brûlées ou non brûlées.

Plusieurs fonctions microbiennes impliquées dans la respiration, la décomposition de la matière organique et les cycles du carbone et du phosphore ont progressivement retrouvé des niveaux comparables à ceux des sols non brûlés. Cette récupération s’est toutefois étalée sur environ 20 à 24 ans et dépendait à la fois des propriétés physicochimiques du sol et de la diversité microbienne.

Ces travaux ne constituent pas une preuve directement transposable à l’intestin. Ils illustrent néanmoins un principe écologique essentiel : un écosystème peut récupérer des fonctions importantes grâce à une communauté réorganisée, sans revenir exactement à sa composition antérieure.

De la même manière, après une antibiothérapie, le microbiote intestinal peut retrouver une grande partie de ses fonctions tout en convergeant vers un équilibre différent de celui qui précédait le traitement.

Il faut également rappeler que l’étude de Palleja et al. portait sur un très faible effectif et sur une combinaison exceptionnellement large d’antibiotiques. Elle ne permet pas de prévoir l’évolution du microbiote après une amoxicilline prescrite seule pendant quelques jours.

Une empreinte peut-elle persister pendant plusieurs années ?

Les données publiées par Baldanzi et al. (2026) apportent une réponse importante, mais qui doit être formulée avec précision.

Les auteurs ont croisé huit années de prescriptions antibiotiques avec les données métagénomiques fécales de 14 979 adultes appartenant à trois cohortes suédoises.

Comme attendu, les associations les plus marquées étaient observées lorsque l’exposition remontait à moins d’un an. Des différences restaient cependant détectables pour des prescriptions datant de un à quatre ans et, pour certaines classes, de quatre à huit ans.

La clindamycine, les fluoroquinolones et la flucloxacilline étaient associées aux modifications les plus étendues. Une exposition à ces traitements quatre à huit ans avant le prélèvement restait associée à une abondance différente pour environ 10 à 15 % des espèces étudiées. La pénicilline V, certaines pénicillines à spectre étendu et la nitrofurantoïne présentaient beaucoup moins d’associations.

Ce résultat est notable, mais il est facilement détourné de sa signification réelle. Il ne signifie pas que 10 à 15 % du microbiote auraient été détruits. Il signifie que l’abondance relative de 10 à 15 % des espèces analysées différait statistiquement entre des personnes exposées et non exposées.

Il ne démontre pas non plus qu’une modification précise soit restée continuellement présente pendant huit ans chez chaque patient. Les participants ne disposaient pas d’un prélèvement réalisé avant l’antibiothérapie puis répété tout au long de cette période.

L’infection ayant motivé le traitement, les comorbidités, les hospitalisations, les autres médicaments et certaines habitudes de vie peuvent également contribuer aux associations observées.

Les auteurs ont ajusté leurs analyses sur de nombreux facteurs de confusion, mais une étude observationnelle ne peut jamais les éliminer totalement. Les données reposaient en outre sur des abondances relatives, qui ne renseignent pas directement sur l’évolution du nombre absolu de bactéries.

Certaines expositions antibiotiques anciennes restent donc associées à la composition du microbiote plusieurs années plus tard. Cela ne démontre ni une altération irréversible ni une conséquence nécessairement pathologique chez chaque personne.

Tous les antibiotiques ne se valent pas sur le plan écologique

L’étude de Baldanzi et al. (2026) confirme également que l’impact varie fortement selon les classes.

Cette différence peut s’expliquer par plusieurs paramètres :

• la largeur du spectre antimicrobien ;
• la sensibilité des bactéries anaérobies intestinales ;
• la fraction absorbée ;
• l’excrétion biliaire ou digestive ;
• la concentration atteinte dans la lumière intestinale ;
• la durée d’exposition ;
• les effets sur les réseaux de coopération entre espèces.

Un antibiotique destiné à traiter une infection précise ne doit pas être choisi uniquement sur son impact microbiotique potentiel. L’efficacité contre l’agent infectieux reste prioritaire.

Mais lorsque plusieurs stratégies équivalentes sont possibles, le choix du spectre le plus adapté, de la dose correcte et de la durée nécessaire rejoint les principes classiques de bon usage des antibiotiques.

La prise en compte du microbiote ne crée donc pas une nouvelle doctrine. Elle renforce l’antibiogouvernance : indication précise, spectre approprié, durée adaptée et limitation des répétitions inutiles.

Les médicaments non antibiotiques sont également concernés

L’idée que seuls les antibiotiques modifient le microbiote est désormais dépassée.

L’étude de Maier et al. (2018) montre qu’un nombre important de médicaments destinés à des cibles humaines peut exercer une activité antibactérienne directe en laboratoire. Toutefois, le chiffre souvent repris de 24 % ne doit pas être transformé en affirmation clinique selon laquelle un quart des médicaments provoqueraient une dysbiose chez l’être humain.

Aasmets et al. (2025) ont apporté une perspective humaine et temporelle différente. Les auteurs ont associé les données métagénomiques de 2 509 adultes estoniens à leurs prescriptions enregistrées au cours des cinq années précédentes. Des associations avec une utilisation ancienne ont été observées pour les antibiotiques, mais également pour certaines benzodiazépines, certains antidépresseurs, des inhibiteurs de la pompe à protons, des bêtabloquants, des biguanides et des glucocorticoïdes.

Les auteurs ont identifié au moins un signal de report potentiel pour 78 des 186 médicaments ou groupes de médicaments analysés, soit 41,9 %. Pour certains traitements, le nombre de prescriptions antérieures était associé à un signal microbien plus marqué, suggérant un possible effet cumulatif.

Une sous-cohorte de 328 participants disposait d’un second prélèvement après un suivi médian de 4,4 ans. Les modifications observées lors de l’initiation ou de l’arrêt de certains traitements étaient globalement cohérentes avec les associations transversales, ce qui renforce la plausibilité d’un effet médicamenteux propre sans établir définitivement la causalité.

Mais, là encore, la prudence est indispensable. Une association avec le microbiote peut correspondre à la variation d’une seule espèce ou d’un seul indice de diversité. Elle ne signifie pas que le patient présente une perturbation globale, des symptômes ou un risque accru de maladie.

Une empreinte statistique n’équivaut pas à une lésion biologique persistante.

Un médicament peut modifier le microbiote sans tuer directement les bactéries

Les médicaments peuvent agir de manière indirecte en modifiant l’environnement digestif :

• l’acidité gastrique ;
• le transit ;
• la sécrétion biliaire ;
• la composition des acides biliaires ;
• la disponibilité du fer ;
• le mucus ;
• l’immunité de la muqueuse ;
• l’inflammation et l’oxygénation locales.

L’effet final est alors écologique. Lorsqu’une espèce diminue, elle peut laisser une niche disponible. Une autre peut perdre un partenaire qui lui fournissait un métabolite. Une espèce résistante peut au contraire se développer parce que ses concurrentes ont été freinées.

La modification du microbiote ne dépend donc pas uniquement de la sensibilité directe des bactéries au médicament. Elle dépend également de l’architecture initiale de la communauté.

Les inhibiteurs de la pompe à protons : une oralisation du microbiote intestinal

Les inhibiteurs de la pompe à protons figurent parmi les médicaments non antibiotiques les plus régulièrement associés à des modifications du microbiote.

En réduisant l’acidité gastrique, ils diminuent une barrière importante contre la survie et le passage des microorganismes venant de la bouche et du tractus digestif supérieur.

Imhann et al. (2016) ont étudié trois cohortes totalisant 1 815 personnes, dont 211 utilisateurs d’IPP. Leur utilisation était associée à une composition microbienne différente, à une diversité plus faible dans cette étude et à une augmentation de plusieurs bactéries habituellement abondantes dans la bouche, notamment des streptocoques.

Zhu et al. (2024) ont ensuite comparé, dans un essai randomisé, sept jours d’IPP à sept jours d’antagoniste des récepteurs H2 chez 49 volontaires sains. Les deux traitements entraînaient des modifications du microbiote, mais les changements et la transmission de microorganismes buccaux vers l’intestin étaient plus marqués sous IPP.

Le signal le plus cohérent n’est donc pas nécessairement une « destruction » du microbiote, mais une forme d’oralisation du microbiote intestinal.

Ces données ne justifient pas l’arrêt d’un IPP médicalement nécessaire. Elles renforcent en revanche l’intérêt de réévaluer les prescriptions prolongées lorsqu’elles ne reposent plus sur une indication claire.

Toute modification du microbiote n’est pas une dysbiose

La metformine constitue probablement le meilleur contre-exemple à l’idée selon laquelle toute variation microbienne induite par un médicament serait défavorable.

Wu et al. (2017) ont mené un essai randomisé chez des personnes présentant un diabète de type 2 nouvellement diagnostiqué et n’ayant encore jamais reçu de traitement antidiabétique.

Après quatre mois, la metformine avait profondément modifié la composition et les fonctions du microbiote.

Les auteurs ont ensuite transféré à des souris axéniques les microbiotes prélevés chez les participants avant et après le traitement. Les animaux recevant le microbiote collecté après la metformine présentaient une meilleure tolérance au glucose, suggérant qu’une partie de l’effet thérapeutique pouvait être médiée par les modifications microbiennes.

Cela ne signifie pas que toutes les modifications induites par la metformine soient favorables. Certaines peuvent également contribuer aux troubles digestifs observés chez certains patients.

Cet exemple montre surtout qu’une modification microbienne peut être favorable, défavorable, compensatrice ou neutre, et qu’elle peut parfois participer simultanément à l’efficacité d’un traitement et à certains de ses effets indésirables.

Le terme de dysbiose devrait donc être réservé à des situations où une perturbation fonctionnelle ou clinique est réellement démontrée, et non utilisé comme synonyme de toute différence de composition.

De la modification de composition à une conséquence clinique

L’une des principales limites de la littérature est que de nombreuses études décrivent des variations taxonomiques sans démontrer leurs conséquences fonctionnelles.

Kumar et al. (2025) ont cherché à franchir cette étape en combinant une analyse épidémiologique portant sur plus d’un million de personnes suivies pendant quinze ans avec des expériences mécanistiques.

Plusieurs médicaments non antibiotiques étaient associés à un risque accru d’infections gastro-intestinales. Les auteurs ont ensuite montré chez la souris que certaines molécules, dont la digoxine, pouvaient modifier le microbiote et la susceptibilité à une infection par Salmonella Typhimurium.

Pour la digoxine, une partie de l’effet était transmissible par le microbiote et impliquait une β-défensine participant à la surveillance immunitaire du pathogène.

Cette interaction médicament–hôte–microbiote–pathogène est particulièrement intéressante, mais la démonstration causale repose principalement sur les modèles animaux. Chez l’être humain, l’association entre médicament et infection peut rester influencée par l’âge, la maladie traitée, la polymédication et l’état général.

Ces résultats ne permettent donc pas encore de modifier directement les prescriptions chez un patient donné.

Le microbiote peut transformer les médicaments

L’interaction ne va pas uniquement du médicament vers le microbiote.

Collins et Patterson (2020) ont recensé plusieurs mécanismes par lesquels les microorganismes intestinaux peuvent modifier les xénobiotiques :

• réduction ;
• hydrolyse ;
• décarboxylation ;
• déshydroxylation ;
• déacétylation ;
• déconjugaison ;
• activation d’une prodrogue ;
• réactivation d’un métabolite éliminé par le foie.

Certaines interactions font partie du mécanisme thérapeutique recherché. Les prodrogues azoïques du 5-aminosalicylate sont, par exemple, clivées par les azoréductases bactériennes afin de libérer leur principe actif dans le côlon.

D’autres interactions peuvent réduire l’efficacité d’un médicament ou accroître sa toxicité.

Une forte variabilité d’un microbiote à l’autre

Zimmermann et al. (2019) ont montré que la capacité à transformer les médicaments varie selon les espèces et les gènes microbiens présents.

Javdan et al. (2020) ont prolongé cette approche en cultivant ex vivo des communautés microbiennes complètes provenant de différents individus.

Après un premier criblage de plusieurs centaines de médicaments, les auteurs ont étudié plus précisément 23 molécules dans des communautés provenant de 20 donneurs. La capacité à transformer une même molécule variait parfois fortement d’un microbiote à l’autre. Des méthodes de métagénomique fonctionnelle ont également permis d’identifier certains gènes responsables de ces transformations.

Ces résultats constituent une preuve de concept importante pour une pharmacomicrobiomique personnalisée.

Ils ne démontrent pas encore que l’analyse du microbiote permet de prévoir la concentration sanguine ou la réponse clinique à ces médicaments. Il faudrait pour cela comparer, chez les mêmes personnes, l’activité observée ex vivo avec la pharmacocinétique et les effets mesurés après administration.

Digoxine : une inactivation dépendante de la souche

Haiser et al. (2013) ont montré que certaines souches d’Eggerthella lenta pouvaient réduire la digoxine en dihydrodigoxine, un métabolite beaucoup moins actif.

Cette capacité dépend notamment de gènes regroupés dans l’opéron cgr. Toutes les souches d’Eggerthella lenta ne possèdent donc pas la même aptitude à métaboliser la digoxine.

Cet exemple souligne une limite essentielle des analyses reposant uniquement sur le nom des bactéries.

Identifier Eggerthella lenta dans un échantillon ne suffit pas à connaître sa fonction. Il faudrait déterminer la souche, les gènes qu’elle porte et leur niveau d’expression.

Malgré la solidité du mécanisme expérimental, aucun test microbiotique n’est actuellement utilisé en routine pour adapter la dose de digoxine. Le suivi clinique, électrocardiographique et pharmacologique reste prioritaire.

Lévodopa : une transformation avant l’absorption

Maini Rekdal et al. (2019) ont décrit une voie bactérienne capable de métaboliser la lévodopa.

Une tyrosine décarboxylase produite notamment par Enterococcus faecalis transforme la lévodopa en dopamine. Certaines souches d’Eggerthella lenta peuvent ensuite convertir cette dopamine en m-tyramine.

La carbidopa, utilisée pour inhiber la décarboxylation humaine périphérique de la lévodopa, bloque insuffisamment l’enzyme bactérienne.

Cette voie pourrait contribuer à certaines variations d’exposition ou de réponse au traitement.

Son poids clinique doit toutefois être replacé parmi d’autres déterminants majeurs, notamment la vidange gastrique, la vitesse du transit, les apports en protéines, l’absorption intestinale, la progression de la maladie et les autres médicaments antiparkinsoniens.

L’existence du mécanisme est démontrée. Sa contribution quantitative chez chaque patient reste encore difficile à établir.

Irinotécan : le microbiote peut réactiver un métabolite toxique

L’irinotécan est transformé en SN-38, son métabolite antitumoral actif. Le foie conjugue ensuite le SN-38 à l’acide glucuronique afin de faciliter son élimination.

Dans l’intestin, certaines β-glucuronidases bactériennes peuvent retirer ce glucuronide et libérer à nouveau le SN-38 actif. Cette réactivation locale participe aux lésions intestinales et aux diarrhées provoquées par le traitement.

Wallace et al. (2010) ont montré chez la souris que des inhibiteurs ciblant sélectivement les β-glucuronidases bactériennes réduisaient la toxicité intestinale sans éliminer les bactéries et sans inhiber l’enzyme humaine correspondante.

Cette approche suggère qu’il ne sera peut-être pas toujours nécessaire de « restaurer » globalement le microbiote : il pourrait être plus pertinent de cibler une fonction microbienne précise responsable d’une toxicité.

Bioaccumulation : les bactéries peuvent capter les médicaments

Une bactérie ne transforme pas nécessairement une molécule. Elle peut également l’absorber et l’accumuler dans sa cellule.

Klünemann et al. (2021) ont étudié les interactions entre 15 médicaments et 25 souches intestinales. Les auteurs ont identifié 70 interactions, dont 29 n’avaient pas été décrites auparavant. Plus de la moitié de ces nouvelles interactions correspondaient à une bioaccumulation sans transformation chimique apparente.

La duloxétine était notamment accumulée par certaines bactéries. Cette accumulation modifiait le fonctionnement de plusieurs enzymes microbiennes, la production de métabolites et les échanges entre espèces dans des communautés simplifiées.

La bioaccumulation pourrait théoriquement diminuer la fraction de médicament disponible, modifier sa libération locale, changer le métabolisme bactérien ou réorganiser les relations entre microorganismes.

Sa portée pharmacocinétique et clinique chez l’être humain reste encore à démontrer.

L’interaction médicament–microbiote–médicament

La polymédication est habituellement analysée à travers les enzymes humaines, les transporteurs et les interactions chimiques entre molécules.

Verdegaal et al. (2026) ont mis en évidence un niveau supplémentaire : un premier médicament peut modifier le microbiote, lequel change ensuite le métabolisme d’un second médicament.

Les auteurs ont étudié l’entacapone et le tolcapone, des inhibiteurs de la catéchol-O-méthyltransférase prescrits avec la lévodopa dans la maladie de Parkinson.

Ces molécules possédaient une activité antibactérienne dépendant en partie de leurs interactions avec le fer. Elles remodelaient différemment les communautés microbiennes selon leur composition initiale.

Dans des communautés fécales humaines étudiées ex vivo, les modifications induites par ces traitements changeaient la capacité du microbiote à métaboliser la lévodopa, de manière différente selon les individus.

Le premier médicament modifie donc l’écosystème ; cet écosystème modifié agit ensuite sur le second médicament.

Ce concept d’interaction médicament–microbiote–médicament est probablement particulièrement pertinent dans les situations de polymédication. Mais les données restent principalement in vitro, ex vivo et animales. Leur impact chez les patients doit encore être quantifié.

Le microbiote peut-il influencer l’efficacité des immunothérapies ?

L’influence du microbiote sur les médicaments ne passe pas toujours par une transformation chimique.

Il peut aussi modifier les réponses immunitaires dont dépend l’efficacité d’un traitement.

De nombreuses cohortes ont associé certains profils microbiens à la réponse aux inhibiteurs des points de contrôle immunitaire. Les signatures taxonomiques varient cependant entre cancers, populations et protocoles, et se reproduisent imparfaitement.

Les essais publiés en 2026 montrent néanmoins que la modulation du microbiote commence à entrer dans la recherche clinique interventionnelle.

L’essai TACITO

Porcari et al. (2026) ont mené un essai randomisé, en double aveugle et contrôlé par placebo chez 45 patients atteints d’un carcinome rénal métastatique traités par pembrolizumab et axitinib.

Les participants recevaient une transplantation de microbiote provenant de patients ayant obtenu une réponse complète à l’immunothérapie ou une préparation placebo.

Le critère principal, correspondant à l’absence de progression à douze mois, n’a pas atteint le seuil statistique prévu : 70 % dans le groupe transplantation contre 41 % dans le groupe placebo, avec une valeur de p de 0,053.

La médiane de survie sans progression, critère secondaire, était toutefois de 24 mois dans le groupe transplantation contre 9 mois dans le groupe placebo, avec un rapport de risque de 0,50.

Ces résultats doivent rester exploratoires. Le critère principal n’était pas statistiquement atteint, l’effectif était faible et 56 des 57 aliquotes administrées, soit 98 %, provenaient d’un même donneur. Cette concentration des dons limite la généralisation des résultats à d’autres profils microbiens.

L’essai FMT-LUMINate

Duttagupta et al. (2026) ont associé une transplantation de microbiote provenant de donneurs sains à une immunothérapie de première ligne chez 20 patients atteints d’un cancer pulmonaire non à petites cellules et 20 patients atteints d’un mélanome.

Le taux de réponse objective était de 80 % dans le groupe cancer pulmonaire et de 75 % dans le groupe mélanome.

L’étude était toutefois ouverte et ne comportait pas de groupe témoin. Elle ne permet donc pas d’isoler l’effet propre de la transplantation de celui de l’immunothérapie ni d’exclure les effets de sélection liés au faible effectif.

Aucun événement indésirable de grade 3 ou supérieur n’a été rapporté dans le groupe cancer pulmonaire. Dans le groupe mélanome, qui recevait une double immunothérapie, 13 patients sur 20, soit 65 %, ont présenté un événement de grade 3 ou supérieur. Le comité indépendant de surveillance a considéré le profil de sécurité comme compatible avec les critères prédéfinis et avec la toxicité connue de la double immunothérapie.

Ces résultats soutiennent la plausibilité d’une modulation thérapeutique du microbiote en oncologie. Ils ne permettent pas encore de considérer la transplantation de microbiote fécal comme un traitement anticancéreux standard.

Peut-on restaurer le microbiote après un médicament ?

C’est aussi l’un des domaines où l’écart entre les données et le discours commercial est le plus important.

Il n’existe actuellement aucune méthode universelle permettant de remettre le microbiote « à zéro » ou de le reconstituer à l’identique après une antibiothérapie ou un autre traitement.

La récupération spontanée dépend de nombreux facteurs :

• le microbiote initial ;
• l’âge ;
• l’alimentation ;
• la nature du médicament ;
• la durée et la répétition des traitements ;
• le transit ;
• les maladies associées ;
• les expositions environnementales.

Saccharomyces boulardii pendant une antibiothérapie : prévenir une diarrhée n’est pas restaurer le microbiote

Parmi les interventions étudiées pendant une antibiothérapie, Saccharomyces boulardii mérite une place distincte.

Il s’agit d’une levure probiotique et non d’une bactérie. Elle n’est donc pas directement ciblée par la plupart des antibiotiques antibactériens et peut être administrée pendant le traitement.

Saccharomyces boulardii ne colonise généralement pas durablement l’intestin. Chez des patients présentant des infections récidivantes à Clostridioides difficile, Elmer et al. (1999) ont observé que seules 4 % des personnes avaient encore une culture fécale positive trois jours après l’arrêt. Dans cette population particulière, son passage apparaissait donc transitoire. Son éventuel bénéfice ne repose pas sur une implantation durable ni sur le remplacement permanent des bactéries affectées par l’antibiotique.

Son intérêt a surtout été étudié pour prévenir la diarrhée associée aux antibiotiques.

Szajewska et Kołodziej (2015) ont regroupé 21 essais randomisés comprenant 4 780 enfants et adultes. Dans cette méta-analyse, S. boulardii réduisait la fréquence de la diarrhée associée aux antibiotiques de 18,7 % à 8,5 %, soit un risque relatif de 0,47 et un nombre de sujets à traiter d’environ 10. Ce résultat global ne signifie cependant pas que l’efficacité soit constante dans tous les contextes.

Ehrhardt et al. (2016) ont mené un essai multicentrique randomisé chez 477 adultes hospitalisés recevant des antibiotiques systémiques. Les participants recevaient 250 mg de S. boulardii deux fois par jour, depuis le début de l’antibiothérapie jusqu’à sept jours après son arrêt.

L’essai a été interrompu pour futilité : 21 cas de diarrhée associée aux antibiotiques sont survenus dans le groupe S. boulardii, contre 19 dans le groupe placebo. Aucun effet préventif n’était donc démontré dans cette population d’adultes hospitalisés sans facteur de risque particulier autre que l’antibiothérapie systémique.

Plus largement, Goodman et al. (2021) ont regroupé 42 essais menés chez 11 305 adultes. L’ensemble des probiotiques réduisait le risque de diarrhée associée aux antibiotiques d’environ 37 %, avec une qualité globale des preuves jugée modérée.

Mais aucun bénéfice clair n’apparaissait dans les études où le risque initial de diarrhée était faible. L’intérêt absolu dépend donc fortement du risque de départ, du produit, de la dose, de l’antibiotique et de la population étudiée. Cette méta-analyse ne permet pas d’attribuer son résultat global à chaque souche ou préparation prise isolément.

La prévention de la diarrhée associée aux antibiotiques et la prévention d’une infection à Clostridioides difficile constituent par ailleurs deux objectifs distincts.

Sur ce second objectif, les recommandations divergent.

Su et al. (2020), pour l’American Gastroenterological Association, suggèrent certaines préparations définies, dont S. boulardii, plutôt que l’absence de probiotique ou l’emploi d’autres probiotiques, pour prévenir une infection à C. difficile chez les adultes et les enfants sous antibiotiques. Cette recommandation est conditionnelle et repose sur une faible qualité de preuve.

À l’inverse, les recommandations de l’American College of Gastroenterology de Kelly et al. (2021) se prononcent contre l’utilisation systématique des probiotiques pour la prévention primaire de l’infection à C. difficile chez les patients sous antibiotiques et pour la prévention des récidives. Cette divergence reflète notamment des méthodes de sélection des essais, des analyses et une pondération de l’hétérogénéité différentes.

En pédiatrie, le groupe de travail de l’ESPGHAN conserve S. boulardii parmi les probiotiques pouvant être envisagés pour prévenir la diarrhée associée aux antibiotiques, en particulier lorsqu’il existe des facteurs de risque. Cette recommandation concerne une souche ou une préparation suffisamment documentée et une indication précise ; elle ne peut pas être étendue à n’importe quelle levure ni à n’importe quel produit commercial.

La sécurité doit également être prise en compte.

Chez les personnes en bonne santé, les effets indésirables graves sont très rares. Des fongémies à Saccharomyces ont néanmoins été décrites, principalement chez des patients hospitalisés, gravement malades, immunodéprimés, porteurs d’un cathéter veineux central ou présentant une atteinte importante de la barrière digestive.

Wombwell et al. (2021) ont identifié 18 fongémies à Saccharomyces cerevisiae parmi 16 404 patients hospitalisés ayant reçu S. boulardii, soit 0,11 %. L’admission en soins intensifs augmentait significativement le risque. Les méthodes microbiologiques utilisées ne permettaient toutefois pas toujours de distinguer précisément la souche probiotique des autres souches de S. cerevisiae.

Hennequin et al. (2000) ont par ailleurs décrit quatre fongémies chez des patients porteurs d’un cathéter. Les auteurs ont retenu la possibilité d’une contamination du cathéter lors de la manipulation du produit et recommandaient d’ouvrir les sachets ou les gélules avec des gants, en dehors de la chambre du patient.

La levure ne doit donc pas être banalisée chez les patients critiques, immunodéprimés, porteurs d’un cathéter veineux central ou présentant une atteinte importante de la barrière digestive.

Saccharomyces boulardii peut réduire le risque de diarrhée associée aux antibiotiques dans certaines populations et avec certaines préparations, mais son efficacité n’est pas uniforme. Son utilisation vise un résultat clinique précis ; elle ne démontre pas la restauration à l’identique du microbiote après l’antibiothérapie.

Probiotiques après antibiothérapie : des résultats dépendants de la souche et de l’objectif

Suez et al. (2018) ont étudié une formulation probiotique multiespèces précise administrée après une antibiothérapie.

Chez les participants recevant cette formulation, la reconstitution du microbiote indigène fécal et muqueux était plus lente que sous récupération spontanée. Une transplantation autologue réalisée avec des selles prélevées avant l’antibiothérapie permettait une récupération plus rapide.

Cette étude est importante, mais elle ne permet pas de conclure que tous les probiotiques retardent la récupération.

Elle portait sur un faible effectif humain, une combinaison spécifique de souches et une antibiothérapie déterminée. Elle évaluait principalement la reconstitution microbiologique et la réponse transcriptomique de l’hôte, et non la prévention d’un événement clinique majeur.

Elle ne contredit pas directement les résultats concernant S. boulardii. Les microorganismes administrés, les objectifs et les critères étudiés sont différents : prévenir une diarrhée n’est pas équivalent à restaurer le microbiote indigène.

Merenstein et al. (2021) ont étudié Bifidobacterium animalis subsp. lactis BB-12 administré dans un yaourt pendant et après une cure d’amoxicilline–acide clavulanique.

Comparativement au produit témoin, le groupe recevant BB-12 présentait une diminution moins importante de certains acides gras à chaîne courte fécaux et un profil taxonomique plus stable au cours du suivi. L’étude regroupait 42 participants dans le groupe BB-12 et 20 dans le groupe témoin.

Ces résultats ne sont pas nécessairement contradictoires avec ceux de Suez et al. (2018).

Ils montrent que l’effet dépend :

• de la souche ou de la combinaison de souches ;
• de l’antibiotique ;
• du moment d’administration ;
• du microbiote initial ;
• du critère mesuré ;
• de l’objectif clinique.

Prévenir une diarrhée, préserver la production de certains métabolites et restaurer exactement le microbiote antérieur sont trois objectifs différents.

Une piste préclinique plus ciblée : capter un médicament précis

Feng et al. (2026) ont exploré un mécanisme différent.

Les auteurs ont recherché des protéines bactériennes homologues aux cibles humaines de 107 médicaments. Certaines protéines bactériennes pouvaient fixer des médicaments visant leurs homologues humains et participer ainsi aux effets de ces molécules sur la croissance microbienne.

Dans des modèles ex vivo et murins, une souche de Bifidobacterium animalis subsp. lactis DSM 10140 possédait une protéine présentant une forte affinité pour le méthotrexate. La bactérie pouvait capter une partie de la molécule et atténuer certaines modifications du microbiote induites par le méthotrexate chez la souris.

Dans ce modèle, la souche ne modifiait pas significativement les principaux paramètres pharmacocinétiques plasmatiques du méthotrexate, mais retardait son pic fécal.

Cette étude ne justifie pas l’association automatique d’un probiotique au méthotrexate chez les patients. Elle suggère en revanche une stratégie plus ciblée : utiliser une souche définie pour intercepter sélectivement un médicament ou protéger certaines fonctions microbiennes, plutôt que de chercher à modifier indistinctement tout l’écosystème.

Ce que les données permettent réellement de conclure

« Les antibiotiques détruisent durablement le microbiote »

Partiellement vrai, mais excessif.

Certains antibiotiques provoquent une perturbation importante et certaines associations restent détectables plusieurs années plus tard. Mais une récupération majeure survient souvent et tous les antibiotiques n’ont pas le même impact.

Les données ne démontrent pas que chaque patient conserve une lésion permanente.

« Les médicaments non antibiotiques n’affectent pas le microbiote »

Faux.

Des interactions sont documentées pour les IPP, la metformine, certains psychotropes, les bêtabloquants, les glucocorticoïdes et de nombreuses autres molécules. Leur niveau de preuve et leur portée clinique varient toutefois fortement.

« Toute modification du microbiote est une dysbiose »

Faux.

La metformine montre qu’une modification peut participer à l’efficacité thérapeutique. Une variation taxonomique ne permet pas à elle seule de conclure à une conséquence défavorable.

« Le microbiote peut modifier l’efficacité ou la toxicité d’un médicament »

Vrai pour certaines molécules.

La digoxine, la lévodopa et l’irinotécan constituent des exemples mécanistiques solides. Pour la majorité des médicaments, la contribution exacte du microbiote reste encore incertaine.

« Un test de selles permet de choisir ou d’adapter les médicaments »

Généralement faux dans la pratique actuelle.

Les analyses commerciales décrivent principalement des abondances relatives d’espèces. Elles ne mesurent pas toujours les souches, les gènes, les enzymes ni leur activité réelle. La présence d’une espèce ne suffit pas à prédire une transformation médicamenteuse.

« Il faut systématiquement prendre un probiotique après un antibiotique »

Non démontré.

L’intérêt dépend de la souche, du produit, de l’antibiotique, du patient et de l’objectif clinique.

Saccharomyces boulardii peut présenter un intérêt pour réduire le risque de diarrhée associée aux antibiotiques dans certaines situations. Cela ne signifie pas qu’il restaure le microbiote ni qu’il soit indiqué chez tous les patients.

Il n’existe pas de probiotique universel permettant de reconstituer à l’identique l’écosystème intestinal.

Ce que ces données changent déjà dans la pratique

Les recherches actuelles ne justifient pas de craindre les médicaments ni d’interrompre un traitement nécessaire au seul motif qu’il pourrait modifier le microbiote.

Elles renforcent en revanche plusieurs principes de bonne prescription :

• poser une indication précise ;
• choisir la molécule et le spectre adaptés ;
• éviter les durées inutilement prolongées ;
• réévaluer régulièrement les traitements chroniques ;
• limiter la polymédication évitable ;
• prendre en compte les traitements actuels et anciens dans l’anamnèse digestive.

L’histoire médicamenteuse mérite donc une place importante dans l’évaluation clinique.

Elle devrait inclure :

• les antibiothérapies répétées ;
• les traitements prolongés par IPP ;
• les psychotropes ;
• la metformine ;
• les laxatifs ;
• les immunosuppresseurs ;
• les chimiothérapies ;
• les principales modifications thérapeutiques des dernières années.

Les médicaments doivent également être considérés comme des facteurs de confusion majeurs dans la recherche sur le microbiote. Une signature attribuée au diabète, à la dépression, à une maladie cardiovasculaire ou à un cancer peut en réalité dépendre en partie des traitements reçus. Les résultats d’Aasmets et al. (2025) montrent que la prise en compte des seules médications utilisées au moment du prélèvement peut être insuffisante.

Ce que nous ne savons pas encore faire

La pharmacomicrobiomique ne permet pas actuellement :

• de choisir couramment un antidépresseur ou un antihypertenseur à partir d’un test fécal ;
• d’attribuer un symptôme à une « dysbiose médicamenteuse » sur la base d’une bactérie isolée ;
• de prédire de manière fiable la réponse à la majorité des traitements ;
• de connaître la durée réelle d’une modification chez une personne donnée ;
• de corriger systématiquement une empreinte médicamenteuse ;
• de promettre le retour à un microbiote antérieur ;
• de conclure qu’une variation microbienne est nécessairement nocive.

La majorité des grandes études humaines restent observationnelles. Elles distinguent difficilement l’effet du médicament de celui de la maladie traitée, de l’âge, de l’alimentation, du transit, des hospitalisations et des autres traitements.

Les analyses portent généralement sur les selles, qui reflètent surtout le contenu de la lumière colique distale. Elles décrivent moins bien la muqueuse et l’intestin grêle, alors que de nombreux médicaments sont absorbés avant d’atteindre le côlon.

Les résultats sont souvent exprimés en abondances relatives. L’apparente diminution d’une bactérie peut donc résulter de l’augmentation d’une autre, sans diminution absolue de la première.

Enfin, la présence d’une espèce ne prédit pas toujours sa fonction. Deux souches portant le même nom peuvent avoir des capacités pharmacologiques différentes.

Vers une pharmacologie fonctionnelle du microbiote

Le futur de la pharmacomicrobiomique ne reposera probablement pas sur une classification générale du microbiote en « bon » ou « mauvais ».

Il s’agira plutôt de répondre à des questions fonctionnelles précises :

• le microbiote possède-t-il l’enzyme capable d’inactiver ce médicament ?
• réactive-t-il un métabolite toxique ?
• accumule-t-il une fraction significative de la molécule ?
• produit-il un métabolite entrant en compétition avec une voie humaine ?
• un traitement associé modifie-t-il cette activité ?
• peut-on inhiber sélectivement la fonction microbienne impliquée ?
• une souche définie peut-elle protéger certaines fonctions sans réduire l’efficacité thérapeutique ?

La pharmacomicrobiomique pourrait ainsi compléter la pharmacogénétique et le suivi thérapeutique pharmacologique.

Mais cette évolution nécessitera des biomarqueurs reproductibles, des études pharmacocinétiques humaines et des essais cliniques démontrant que la prise en compte du microbiote améliore réellement l’efficacité ou la sécurité des traitements.

Conclusion

Les antibiotiques peuvent modifier profondément le microbiote intestinal, sélectionner des résistances et laisser, pour certaines classes, une empreinte détectable plusieurs années plus tard. Les médicaments non antibiotiques peuvent eux aussi modifier l’écosystème intestinal, directement ou en changeant son environnement.

Dans l’autre sens, le microbiote peut activer, inactiver, transformer, réactiver ou accumuler certains médicaments et ainsi contribuer à leur efficacité, à leur toxicité ou à la variabilité de la réponse. Les données les plus récentes montrent également qu’il peut intervenir dans les interactions entre plusieurs traitements ou moduler la réponse aux immunothérapies.

Certaines interventions microbiotiques ont un intérêt ciblé. Saccharomyces boulardii peut notamment réduire le risque de diarrhée associée aux antibiotiques dans certains contextes, mais cela ne constitue ni une protection universelle ni une méthode démontrée de restauration du microbiote.

Ces résultats ne signifient donc pas que chaque médicament provoque une dysbiose durable, que toute modification soit délétère ou qu’un protocole universel permette de « reconstruire » le microbiote. Un médicament agit sur un organisme qui héberge également un écosystème microbien capable de modifier son devenir.

La pharmacomicrobiomique permet aujourd’hui de mieux comprendre certaines de ces interactions, mais elle ne constitue pas encore un outil permettant de guider la majorité des prescriptions. En pratique, l’enjeu reste de documenter correctement l’histoire médicamenteuse, de prescrire avec précision et de ne pas transformer trop rapidement une association microbienne en conséquence clinique.

Bibliographie scientifique

1. Collins SL, Patterson AD. The gut microbiome: an orchestrator of xenobiotic metabolism. Acta Pharm Sin B. 2020;10(1):19-32. doi:10.1016/j.apsb.2019.12.001.
2. Maier L, Pruteanu M, Kuhn M, et al. Extensive impact of non-antibiotic drugs on human gut bacteria. Nature. 2018;555(7698):623-628. doi:10.1038/nature25979.
3. Zimmermann M, Zimmermann-Kogadeeva M, Wegmann R, Goodman AL. Mapping human microbiome drug metabolism by gut bacteria and their genes. Nature. 2019;570(7762):462-467. doi:10.1038/s41586-019-1291-3.
4. Palleja A, Mikkelsen KH, Forslund SK, et al. Recovery of gut microbiota of healthy adults following antibiotic exposure. Nat Microbiol. 2018;3(11):1255-1265. doi:10.1038/s41564-018-0257-9.
5. Choi S, Song H, Tripathi BM, Kerfahi D, Kim H, Adams JM. Effect of experimental soil disturbance and recovery on structure and function of soil community: a metagenomic and metagenetic approach. Sci Rep. 2017;7:2260. doi:10.1038/s41598-017-02262-6.
6. Pérez-Valera E, Verdú M, Navarro-Cano JA, Goberna M. Soil microbiome drives the recovery of ecosystem functions after fire. Soil Biol Biochem. 2020;149:107948. doi:10.1016/j.soilbio.2020.107948.
7. Baldanzi G, Larsson A, Sayols-Baixeras S, et al. Antibiotic use and gut microbiome composition links from individual-level prescription data of 14,979 individuals. Nat Med. 2026;32:1351-1361. doi:10.1038/s41591-026-04284-y.
8. Aasmets O, Taba N, Krigul KL, Andreson R, Estonian Biobank Research Team, Org E. A hidden confounder for microbiome studies: medications used years before sample collection. mSystems. 2025;10(10):e00541-25. doi:10.1128/msystems.00541-25.
9. Imhann F, Bonder MJ, Vich Vila A, et al. Proton pump inhibitors affect the gut microbiome. Gut. 2016;65(5):740-748. doi:10.1136/gutjnl-2015-310376.
10. Zhu J, Sun C, Li M, Hu G, Zhao XM, Chen WH. Compared to histamine-2 receptor antagonist, proton pump inhibitor induces stronger oral-to-gut microbial transmission and gut microbiome alterations: a randomised controlled trial. Gut. 2024;73(7):1087-1097. doi:10.1136/gutjnl-2023-330168.
11. Wu H, Esteve E, Tremaroli V, et al. Metformin alters the gut microbiome of individuals with treatment-naive type 2 diabetes, contributing to the therapeutic effects of the drug. Nat Med. 2017;23(7):850-858. doi:10.1038/nm.4345.
12. Kumar A, Sun R, Habib B, et al. Identification of medication–microbiome interactions that affect gut infection. Nature. 2025;644(8076):506-515. doi:10.1038/s41586-025-09273-8.
13. Javdan B, Lopez JG, Chankhamjon P, et al. Personalized mapping of drug metabolism by the human gut microbiome. Cell. 2020;181(7):1661-1679.e22. doi:10.1016/j.cell.2020.05.001.
14. Haiser HJ, Gootenberg DB, Chatman K, Sirasani G, Balskus EP, Turnbaugh PJ. Predicting and manipulating cardiac drug inactivation by the human gut bacterium Eggerthella lenta. Science. 2013;341(6143):295-298. doi:10.1126/science.1235872.
15. Maini Rekdal V, Bess EN, Bisanz JE, Turnbaugh PJ, Balskus EP. Discovery and inhibition of an interspecies gut bacterial pathway for levodopa metabolism. Science. 2019;364(6445):eaau6323. doi:10.1126/science.aau6323.
16. Wallace BD, Wang H, Lane KT, et al. Alleviating cancer drug toxicity by inhibiting a bacterial enzyme. Science. 2010;330(6005):831-835. doi:10.1126/science.1191175.
17. Klünemann M, Andrejev S, Blasche S, et al. Bioaccumulation of therapeutic drugs by human gut bacteria. Nature. 2021;597(7877):533-538. doi:10.1038/s41586-021-03891-8.
18. Verdegaal AA, Oh J, Javdan B, et al. A drug–microbiome–drug interaction impacts co-prescribed medications for Parkinson’s disease. Nat Microbiol. 2026;11:1387-1409. doi:10.1038/s41564-026-02299-2.
19. Porcari S, Ciccarese C, Heidrich V, et al. Fecal microbiota transplantation plus pembrolizumab and axitinib in metastatic renal cell carcinoma: the randomized phase 2 TACITO trial. Nat Med. 2026;32:1316-1324. doi:10.1038/s41591-025-04189-2.
20. Duttagupta S, Messaoudene M, Hunter S, et al. Fecal microbiota transplantation plus immunotherapy in non-small cell lung cancer and melanoma: the phase 2 FMT-LUMINate trial. Nat Med. 2026;32:1337-1350. doi:10.1038/s41591-025-04186-5.
21. Elmer GW, McFarland LV, Surawicz CM, Danko L, Greenberg RN. Behaviour of Saccharomyces boulardii in recurrent Clostridium difficile disease patients. Aliment Pharmacol Ther. 1999;13(12):1663-1668. doi:10.1046/j.1365-2036.1999.00666.x.
22. Szajewska H, Kołodziej M. Systematic review with meta-analysis: Saccharomyces boulardii in the prevention of antibiotic-associated diarrhoea. Aliment Pharmacol Ther. 2015;42(7):793-801. doi:10.1111/apt.13344.
23. Ehrhardt S, Guo N, Hinz R, et al. Saccharomyces boulardii to prevent antibiotic-associated diarrhea: a randomized, double-masked, placebo-controlled trial. Open Forum Infect Dis. 2016;3(1):ofw011. doi:10.1093/ofid/ofw011.
24. Goodman C, Keating G, Georgousopoulou E, Hespe C, Levett K. Probiotics for the prevention of antibiotic-associated diarrhoea: a systematic review and meta-analysis. BMJ Open. 2021;11(8):e043054. doi:10.1136/bmjopen-2020-043054.
25. Su GL, Ko CW, Bercik P, et al. AGA clinical practice guidelines on the role of probiotics in the management of gastrointestinal disorders. Gastroenterology. 2020;159(2):697-705. doi:10.1053/j.gastro.2020.05.059.
26. Kelly CR, Fischer M, Allegretti JR, et al. ACG clinical guidelines: prevention, diagnosis, and treatment of Clostridioides difficile infections. Am J Gastroenterol. 2021;116(6):1124-1147. doi:10.14309/ajg.0000000000001278.
27. Szajewska H, Berni Canani R, Domellöf M, et al. Probiotics for the management of pediatric gastrointestinal disorders: position paper of the ESPGHAN Special Interest Group on Gut Microbiota and Modifications. J Pediatr Gastroenterol Nutr. 2023;76(2):232-247. doi:10.1097/MPG.0000000000003633.
28. Wombwell E, Bransteitter B, Gillen LR. Incidence of Saccharomyces cerevisiae fungemia in hospitalised patients administered Saccharomyces boulardii probiotic. Mycoses. 2021;64(12):1521-1526. doi:10.1111/myc.13375.
29. Hennequin C, Kauffmann-Lacroix C, Jobert A, et al. Possible role of catheters in Saccharomyces boulardii fungemia. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2000;19(1):16-20. doi:10.1007/s100960050003.
30. Suez J, Zmora N, Zilberman-Schapira G, et al. Post-antibiotic gut mucosal microbiome reconstitution is impaired by probiotics and improved by autologous FMT. Cell. 2018;174(6):1406-1423.e16. doi:10.1016/j.cell.2018.08.047.
31. Merenstein D, Fraser CM, Roberts RF, et al. Bifidobacterium animalis subsp. lactis BB-12 protects against antibiotic-induced functional and compositional changes in human fecal microbiome. Nutrients. 2021;13(8):2814. doi:10.3390/nu13082814.
32. Feng S, Zhou SX, Si ZL, et al. Probiotics mitigate non-antibiotic drug-induced dysbiosis via protein homology-driven competitive binding. Nat Commun. 2026;17:6012. doi:10.1038/s41467-026-72592-5.